Posibilitatile tehnice recente permit rusologilor sa identifice portiunile genomului ral care codifica anumite functii. De aici si pana la ingineria genica care poate sa obtina, spre exemplu, variante atenuate prin deletia unor segmente responsabile de rulenta sau neurotropism este un singur pas. Data fiind aplicabilitatea larga a tehnicilor de cartografiere si rezultatele spectaculoase obtinute uneori, mentionam cateva dintre ele:
- analiza fragmentelor rezultate din clivarea ADN genomic cu cnzime de restrictie;
- recuperarea mutantelor conditionat letale;
- Iranslarea speciilor definite de ARNm in sisteme acelulare si identificarea proteinelor rezultate (toate aceste tehnici sunt pentru rusuri ADN);
- cartografierea prin alterarea ARN consecutiv iradierii cu ultraolete;
- cartografierea prin inhibitia initierii translatiei cu anumite substante chimice (tehnici pentru rusuri ARN)
Toate metodele de are a secventelor nucleotidice utilizate isi propun doua scopuri:

- estimarea distantelor de imperechere intre secvente si

- deductia relatiilor filogenetice.
Distantele intre diferitele izolate rale suni adesea mari. astfel incat este necesara introducerea unor corectii pentru eventualitatea unor substitutii. Metodele de calcul a distantelor de imperechere difera prin prezumtiile de la care pornesc prind procesul evolutiv. O metoda foarte utilizata "Neighbour joining" (legatura de vecinatate) porneste de la constructia unor matrici de asemanare. Masura in care o varianta se apropie de una sau alta din matrici permite asezarea ei pe o anumita ramura a arborelui genealogic, intrucat matricele corespund unui algoritm de inrudire genetica. O alta metoda utilizeaza secventele direct, calculand probabilitatea maxima de apropiere cu maxima parcimonie (chibzuinta), dar minimalizand interventia evolutiei. In final, deductia relatiilor filogenclice se concretizeaza in alcatuirea unor arbori filogenetici in care probele inrudite converg in grupuri (bootstrap), iar intre grupuri se silesc grade de vecinatate.
Analiza secventelor nucleotidice este un instrument indispensabil pentru silirea inrudirii intre diferitele tipuri de rusuri si pentru epidcmiologia moleculara care obiectizeaza filiatia cazurilor (. 4.2). Totusi, aceasta metoda sau acest ansamblu de metode are limite de confidenta determinate, in primul rind, de lipsa de fidelitate a transcrierii rusurilor ARN, ca si de rata relativ ridicata a mutatiilor care surn in cursul persistentei rale.

Concluzii

Evolutia rusurilor si implicit relatiile dintre tulpini, specii, genuri sunt azi silite prin cartografierea genomurilor rale. Variabilitatea foarte pronuntata a rusurilor ARN in atie cu dezoxiriborusurile se explica prin absenta, in primul caz. a mecanismelor de corectie a erorilor de transcriere. Totusi, ambele categorii de rusuri au o variabililatc pronuntata ilustrata de edentierea mai multor tipuri de mutante rale si de interactiuni genetice intre rusuri.